釀造啤酒時，啤酒中的細菌或野生酵母的存在會導致渾濁現(xiàn)象與改變風味。

如何確認微生物污染
為了防止發(fā)生污染，常規(guī)的微生物檢測是必要的。在使用的酵母中的感染有時能直接用顯微鏡觀察到，但只有在這些感染物足夠多時才可以做到，而且一些野生酵母在顯微鏡下是無法與釀造酵母區(qū)分開來。因此細菌培養(yǎng)或酵母培養(yǎng)這種方法雖然慢，但對檢測感染和確認存在的生物體身份更加準確。
使用在特定條件下（好氧或厭氧）生長的選擇性培養(yǎng)基可以確定存在的生物體的數(shù)量，并且更好的辨別觀察菌群的形狀。不同類型的微生物將需要適當?shù)呐囵B(yǎng)基和生長條件，通常啤酒廠使用抑制啤酒酵母生長的選擇性培養(yǎng)基來分析啤酒樣品。

• WLN培養(yǎng)基：根據(jù)菌種不同，在此培養(yǎng)基上生長的酵母菌中在生長特點上存在細微差異，來鑒別野生酵母、酵母菌種和細菌，用于區(qū)分啤酒酵母和其他酵母。

• WLD培養(yǎng)基：通過向WLN培養(yǎng)基中添加放線菌酮，抑制培養(yǎng)酵母的生長，此培養(yǎng)基（WLD）更具選擇性，用于檢測含酵母樣品中的雜菌總數(shù)。

• Raka-Ray瓊脂：也稱乳酸菌選擇性瓊脂，是乳酸菌選擇性培養(yǎng)基，用于選擇性分離啤酒釀造工藝中的乳酸細菌，可以快速、準確地監(jiān)測啤酒釀造過程中的各種微生物，包括足球菌。

下表列出了建議從不同樣品中檢查的微生物以及使用的培養(yǎng)基的建議：

在清洗罐子時，還可以對容器內(nèi)表面和沖洗用水進行微生物測試，使用三磷酸腺苷（ATP）生物發(fā)光法在這里更高效。ATP普遍存在于所有活的生物體中，利用ATP與熒光素-熒光素酶復合物的反應來測定是否存在三磷酸腺苷（ATP），并確定是否需要進一步的清潔。
不難看出，許多階段都可能出現(xiàn)微生物污染。要避免這些問題需要采取綜合措施：啤酒廠的設計要盡量減少產(chǎn)生交叉感染的機會，例如讓麥芽粉塵遠離發(fā)酵區(qū)域；管道設計要避免出現(xiàn)衛(wèi)生死角，防止微生物滋生的環(huán)境；定期檢查設備的密閉性，任何泄漏或者膠圈損壞都是潛在的警告信號。

如何避免微生物污染
有人說，釀酒90%是清潔工作。這可能有點夸張，但衛(wèi)生的重要性怎么強調(diào)都不為過。特別是在自釀家釀啤酒這類封閉性不好的釀造環(huán)境下，徹底的消毒很難做到。
容器和管道必須定期徹底清洗和消毒。最常見的是使用堿清洗，但定期的酸洗也是必要的，以防止啤酒石的堆積從而滋生細菌。清潔容器和管道后，開始使用消毒劑，例如稀釋后的過氧乙酸。這也就是CIP系統(tǒng)的工作流程。
酵母應在 0-4 °C（32-39 °F）的溫度下進行收集和衛(wèi)生儲存，使用前儲存時間不得超過一周。微生物監(jiān)測可用于確認的酵母不受污染。
啤酒的任何添加物，如消泡劑，啤酒花產(chǎn)品，澄清劑或工藝氣體都是潛在的污染源。使用前應檢查產(chǎn)品及其添加方式是否受污染，體在使用前應通過無菌過濾器。

如果已經(jīng)出現(xiàn)了污染問題該如何處理？
如果在包裝啤酒中發(fā)現(xiàn)感染，已無法挽救，只能用于防止其在未來的釀造中再次發(fā)生。
但如果是在一個生產(chǎn)階段中發(fā)現(xiàn)，如要投放的酵母中發(fā)現(xiàn)細菌感染，那么酸洗幾乎可以立即補救這種情況。如果正確的操作，酸洗將在對酵母健康產(chǎn)生很小影響的條件下大大減少細菌數(shù)量。
如果釀造過程中出現(xiàn)了微生物污染，徹底的清潔和衛(wèi)生是防止再次發(fā)生的必要操作。可能需要增加清潔使用化學品的溫度、時間和濃度，并且定期檢查消毒用品是否失效（稀釋過氧乙酸的保質(zhì)期較短）。檢查噴淋球或噴頭是否有堵塞。難以進入的區(qū)域要特別注意，例如可能需要拆卸板式換熱器，更換密封件和墊圈。